定位的不同
微信小程序是手機微信發布的一類不需要安裝下載，借助于手機微信互聯網大數據為環境的運用。微信小程序面向產品與服務，主要以功能服務為主，致力于打造線上線下相融合的服務場景。它在微信內的流量入口多且不固定，具有即開即用的便捷性，能實現產品與服務的定位，更適合去擴展營銷場景，實現O2O的發展模式。
微信公眾號是一個線上營銷的自媒體平臺，企業和個人可自行在開放平臺申請賬號開通，以圖文、語音、視頻等方式發布信息、吸引用戶關注互動，是一類新的信息傳播方式，構建與用戶近距離溝通的橋梁。公眾號依賴粉絲經濟，結合H5后，能夠在公眾號內提供一些簡單的營銷和交互功能。
運營方式的不同
微信小程序可以通過線上掃碼、微信搜索、公眾號關聯、好友推薦等方式來找到。基于定位功能，可以免費曝光給周邊五公里的人群，只要小程序名稱符合用戶搜索的習慣，就能夠獲取相應的搜索流量。而微信小程序除了線上曝光，還可以變成小程序碼存在于廣告海報、店內的墻壁、消費小票、收銀機、產品外包裝等很多地方上，直接打通線上和線下，讓流量飛速增長。
微信小程序可快速裂變轉化、觸達用戶。只要一次使用，就會留存在微信首頁的使用記錄里，下拉便可以再次找到，還能添加到“我的小程序”里，方便二次使用，極大地幫助企業節約運營成本。另外，為了不破壞朋友圈的營銷生態，微信小程序暫時只支持手機微信內的聊天界面隨意跳轉，卻無法直接分享到朋友圈（注：但可以通過生成小程序碼來分享）。
目前微信小程序可通過以下方式觸達用戶：附近的微信小程序、門店微信小程序、公眾號關聯、模板消息推送、微信小程序碼、小程序分享跳轉、公眾號文章內植入等。
微信公眾號提供服務主要是依靠公眾號內的菜單欄接口，用戶需要關注公眾號再從菜單欄進入服務，入口潛藏較深，也導致了用戶的服務獲取鏈條較長，所以公眾號開發比較適合以粉絲運營為主、有深度用戶沉淀的賬號。公眾號開發出來的運用，除了可以在微信內的聊天界面隨意跳轉，還可以直接分享到朋友圈。
目前微信公眾號開發出來的運用可通過以下方式觸達用戶：朋友圈鏈接、公眾號文章植入、菜單欄進入、聊天分享、模板消息推送等。
技術的不同
微信小程序的開發，是基于微信官方提供開發指引與工具基礎上去開發，使用的是類H5的微信小程序原生開發語言，有一個大致的框架作為基礎。微信小程序對UI和圖片會進行一個本地緩存，只需要對服務器請求數據，頁面切換不需要刷新，所以頁面打開流暢，加載速度快，使用體驗接近一個原生App。
而公眾號開發通常憑借H5開發設計來完成互動，軟件環境是根據電腦瀏覽器，同相當于手機瀏覽器端運用。公眾號開發出去的運用，每次打開都需要請求一次服務器，在處理業務邏輯復雜、互動較多的請求的時候，會形成一定的載入時間，并且對網絡環境的要求也比較高。
作用側重點的不同
小程序被微信公眾平臺給與了開放的插口工作能力，基本可覆蓋全部行業（特色餐飲、企業展示、電商直播、智能硬件等）的需求，相較于公眾號，它在視頻直播、商城、小游戲等強互動的領域表現更佳，并且引流作用更強。
公眾號開發通常包含作用訂制和插口訂制。如果不要求太高的流量曝光，只想給予持續穩定的服務，在領域內好好的運營，比如微商城、微會員、微官網、微分銷、微頁面、微支付、微營銷，或是對接各種高級端口，例如ERP、CRM、OA等第三方平臺，公眾號會更靠譜。
